Panji Gumilang pun meminta kalangan yang menuduh Ponpes Al-Zaytun sebagai pusat sarang terorisme agar diberikan bukti. Karena menurutnya, jika memang terbukti Ponpes Al-Zaytun menjadi sarang teroris maka pemerintah pasti telah mengutus tim Detasemen Khusus (Densus) 88 antri teror untuk melakukan penyergapan di Ponpes miliknya tersebut. Hingga kini, dirinya enggan membicarakan soal ajaran yang dianggap sesat yang saat itu tengah heboh diperbincangkan publik tanah air.
Mulai dari shaf salat laki-laki dengan perempuan yang dicampur, pengakuan soal bermadzhab dengan Ir Soekarno, khutbah Jumat oleh santriwati, adzan nyeleneh, khutbah menggunakan Kitab Injil, menggemahkan nyanyian lagu Israel atau salam Yahudi, dan mengatakan bahwa Al Quran di firmankan oleh Rasulullah SAW.